Родился в 1963 году в с. Великент Дербенского района Республики Дагестан, азербайджанец, образование высшее юридическое, в 1989 году окончил Ростовский государственный университет.
Свою трудовую деятельность в органах прокуратуры начал в 1989 году с должности стажера прокуратуры Чертковского района. Впоследствии занимал должности следователя прокуратуры Чертковского района, следователя, старшего следователя Азовской межрайонной прокуратуры, следователя по особо важным делам отдела по расследованию умышленных убийств следственного управления прокуратуры области, следователя по особо важным делам отдела по расследованию умышленных убийств и бандитизма следственного управления прокуратуры области, старшего помощника Азовского межрайонного прокурора, начальника первого отдела – заместителя начальника управления по надзору за расследованием преступлений прокуратуры Ростовской области. В 2007 году назначен на должность заместителя начальника управления – начальника первого отдела управления по надзору за процессуальной деятельностью следственного управления Следственного комитета при прокуратуре Российской Федерации по Ростовской области.
За добросовестное исполнение служебного долга неоднократно поощрялся Генеральным прокурором Российской Федерации, прокурором области.
Приказом Генерального прокурора Российской Федерации от 05.06.2009 № 519-к Мисирханов Рустам Магомедович назначен на должность прокурора Верхнедонского района Ростовской области.